后深草天皇无奈退位，愤慨不已，干脆出家为僧。日本皇室有一个传统，将出家的前天皇称为法皇，所以后深草天皇从此被称为后深草法皇。
日本的皇室传统与中国不同，退位的天皇或是出家的法皇并非不问世事，而是依然可以随时对朝政建言，在关乎国运的重大问题上，他们的意见往往更加得到重视，在任的天皇总要请他们回朝议事，经过一番斗争再复位的也屡见不鲜。而且出家也不耽误他们与妻妾生孩子，有的还连生好几个，算得上一大异象。
后深草法皇也不例外，虽已出家，但仍然对自己遭受的无端指责和失去的皇位耿耿于怀。后嵯峨天皇去世后，后深草法皇立即有所动作，派人偷偷与镰仓幕府执政的北条氏取得联系，争取支持，想做复位天皇。
北条氏积极回应了后深草法皇的要求，对龟山天皇的皇位正当性提出质疑，后深草法皇也随即推波助澜，即后世所称的持明院统和大觉寺统的两统纷争。几番争斗下，龟山天皇没办法得到幕府的支持，只得被迫妥协，但也没让后深草法皇复辟，而是主动让位于年仅八岁的后宇多天皇，自己执院政。
日本现任天皇世系的大致脉络暂时说到这里，再来谈谈如今的镰仓幕府。
公元1192年，源氏武士家族的首领源赖朝取得豪强北条氏支持，击败武士家族平氏建立镰仓幕府，源赖朝的老婆北条政子在源赖朝死后虽按照当时的惯例出家为尼。但作为新任将军的监护人掌握了幕府实权。时人称为尼将军。
北条政子做了一件与汉高祖刘邦的老婆吕后一样的事情。就是提拔北条氏的子孙担任幕府要职。从此，北条氏便以外戚身份实际掌握了幕府政治的实权，代代世袭幕府执权一职，形成了所谓的执权政治，甚至在民间被称为执权大将军，幕府将军反而沦为了傀儡。北条氏的嫡流一脉被称为得宗，而得宗家的嫡长子世袭执权一职。
北条时赖继任第五代执权之后，通过几场大战。肃清了幕府内企图恢复将军权威、夺取北条氏执政地位的三浦氏一族等反对派势力，将得宗专权推向顶峰。
北条时赖笃信佛教，创立建长寺，请宋僧兰溪道隆为开山。其后参禅于圣一国师圆尔及兀庵普宁。康元元年(1256)，前往最明寺出家。以道隆和尚为戒师，号觉了房道崇，所以后世称之为最明寺殿。弘长三年(1263)，卒于最明寺北亭，年三十七。
北条时赖在最明寺出家时，便将执权之位让于第六代执权北条长时。并立嫡长子北条时宗为得宗。北条长时虽名为执权但是实权仍在出了家的北条时赖手中。
在位仅四年，北条长时即开始饱受病痛折磨。在位七年，北条长时因病出家，由其叔父北条政村出任执权。同年，北条长时在妙光寺以三十五岁之龄去世。
北条政村接位之际已是花甲之年，按照他与北条时赖的约定，先让年仅十四岁的北条时宗担任他的连署（即执权的副手），待北条时宗成年后即让位于北条时宗。