在鹦鹉螺号亡命深海之时，这场大决战进入了舰载机对轰航母的白热化阶段。
10时40分，接替指挥空中作战事宜的日第2航空战队司令官山口多闻少将发动反击，18架由“九九”式俯冲轰炸机和6架零式战斗机组成的攻击编队从飞龙号航空母舰起飞。飞向目标途中，发现了一批正在返航的美军轰炸机，便悄悄的尾随。日机因此成功的找到了约克城号，并立即发动攻击，3颗炸弹命中。约克城号虽然遭到破坏，但是在美军船员的极力抢修下，恢复了航行功能。
11时30分，南云中将及幕僚转移到了长良号巡洋舰，开始集结舰队残余的舰只和飞机。
13时40分，10架日军“九七”式鱼雷攻击机和6架“零”式战斗机又从飞龙号飞来，对受伤的约克城号发起了第二次攻击（日方由友永指挥，由于约克城号已被修好，日机飞行员误把它当成另一艘航母姊妹舰）。约克城号这次就没那么幸运，再次被两枚鱼雷击中，左舷附近掀开两个大洞，并把舰舵给轧住了。弗莱彻少将被迫转移到巡洋舰，将指挥权移交给斯普鲁恩斯少将。
14时45分，美军侦察机发现日军飞龙号航空母舰，斯普鲁恩斯立即命令企业号、大黄蜂号航空母舰的30架“无畏”式俯冲轰炸机起飞，去攻击飞龙号。
15时00分，美军约克城号的舰长巴克马斯特被迫下令弃舰。然而，它却并没有沉没，于是美军又回到舰上，试图由拖船将约克城号拖向珍珠港。
16时45分，美军企业号航空母舰的俯冲轰炸机成功地攻击了日军剩下的飞龙号。飞龙号当即命中4弹，船上一片火海。
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10：40，美日双方的海空大战正如火如荼之时，鹦鹉螺号再次奇迹般的从大量日舰下方通过，一路往东，往中途岛方向开足马力狂奔。
“居然没有驱逐舰追我们！少校，我们离最近的日舰已有两海里了。鬼子舰群已整体往北航行了，我想我们又逃过了一劫。”陆飞满脸带笑的大声道。
“感谢上帝！我终于可以活着回去领勋章了！”卡尔森听到这句话，差点泪流满面。
“布洛克曼少校真是上帝的私生子，我们的运气实在太好了！”轮机长由衷的说道。
“那还用说！我和他老人家一直关系良好。减速，上浮至潜望镜深度，升起潜望镜，我要回头看一眼，我们到底炸中了哪一艘航母。”少校得意洋洋的下令道。
两分钟后，鹦鹉螺号浮到潜望镜高度，很快升起了潜望镜。
布洛克曼少校贴着潜望镜观察了一会，笑着下令道：“潜艇上浮至水面，我们去中途岛！我们应该是打中了苍龙号！不过它还在海上飘着，不知道会不会沉。”
大副随即大声道：“上浮潜艇至水面，全速向东，我们安全了！少校，我们是不是该打破无线电静默，向总部汇报我们的战绩和行踪？”