二代火影千手扉间得知此事后对这里进行了一定改造，添加了一部分建筑设施，并把暗部的总部放在了这里。
到了三代火影猿飞日斩时，考虑到村子这么多年也没受到什么不可抵挡的入侵，再加上暗部的工作大部分时间集中在地表，猿飞日斩便迁出了暗部总部，把这个秘密基地留给团藏训练暗部新成员。
然后团藏又讲到了根部的历史。
利用训练暗部的名义，团藏创建了根部，并一点点吸纳暗部成员扩大根部的势力。
猿飞日斩察觉到自己被挖墙脚，曾为此警告过团藏。但他考虑到团藏的根部也是在为木叶出力，况且还有这么多年的交情，所以也只是敲打了团藏一番，并未勒令根部解散。
团藏理解了猿飞日斩的意思，吸纳暗部成员的动作慢了下来，好似真的打算一心一意的为猿飞日斩培训暗部了。
但实际上，他团藏的野心没有一刻熄灭，暗部不让动了，他就把目光瞄准了村子里那些有潜力的忍者身上。
能够用权势迫使其屈服的就强制吸收，有把柄在身上的就恐吓威胁，有野心的就诱以重利。
团藏各种手段齐出，根部的势力也越发壮大起来，为了不被猿飞日斩打压，团藏主动替其干起了脏活累活，猿飞日斩见此也就默认了根部的存在。
猿飞日斩身为火影，不得不考虑自身的名声，爱惜羽毛也是难免的，所以与团藏进行利益交换就变得很有必要了，毕竟政治就是一种妥协。
团藏对雷洛没什么隐瞒，大大方方的把一些关键之处讲了出来，雷洛也渐渐搞懂了木叶上层之间的权力分配。同时，雷洛也在思考团藏与他说这些话的目的。
见雷洛一脸思索之色，团藏只是微微一笑，没有解释的意图。双方走过甬道，进入一间宽大的会议室内，并在长桌两侧落座。
期待已久的谈判正式开始。
雷洛与团藏一番唇枪舌剑后，两人均很快明白了对方的要求。
雷洛加入根部的具体条件主要有五条：
首先，团藏需要与猿飞日斩交涉，让雷洛顺利的从暗部调往根部，这个过程中不能引起猿飞日斩的怀疑。在以后的时间里，团藏为雷洛提供庇护，防止其他木叶高层找麻烦。
其次，团藏必须无条件的为雷洛提供忍术资源，允许雷洛观看封印之书。并为雷洛的修行做好一切准备条件。比如单独的训练室，训练器材，珍贵药材，还有能拿来练手的高级根忍。
第三，雷洛在根部的地位应处于所有根忍之上，只听候团藏调遣。
第四，团藏不得以任何手段，任何原因对雷洛不利，否则雷洛有权力做出反击。
第五，根部的档案室全面向雷洛开放，雷洛有权限调阅根部收集到的一切信息。