20世纪80年代是拜仁慕尼黑的动荡时期，球队经历了许多人员变化以及财政问题。保罗・布莱特纳和卡尔・海因茨・鲁梅尼格成为了球队的灵魂，他们带领球队在1979-80赛季以及1980-81赛季的联赛中捧起了冠军奖盘，拜仁在那一时期也被称为布莱特尼格队。
在此后的两个赛季拜仁仅仅获得了1982年的德国杯，1983年乌多・拉特克再次执教球队，布莱特纳同期宣布退役，1984年拜仁再获德国杯冠军，并且在六年中五次夺得各项赛事锦标，包括了1985-86赛季的联赛和德国杯的双冠王，但在这10年中拜仁在欧洲赛场上并没有太多优异表现，只是在1982年和1987年获得了欧洲冠军杯的亚军。
1987年尤普・海因克斯成为了拜仁的主教练，在1988-89赛季以及1989-90赛季的两连冠后，拜仁的成绩开始出现下滑，在1990-91赛季屈居亚军后，1991-92赛季拜仁仅仅排名第十，领先降级区五分，1993-94赛季后半段当时的主席贝肯鲍尔亲自出马，接过了拜仁的帅鞭，带领球队在沉寂四年之后重新捧起德甲冠军奖盘。
在此之后，继任的乔瓦尼・特拉帕托尼和奥托・雷哈格尔并没有像俱乐部所期待的那样，只是分别在拜仁度过了一个碌碌无为的赛季。由于当时拜仁球员通常登上八卦新闻版面而非体育新闻，拜仁被戏称为绿茵好莱坞。在1995-96赛季接近结束时，贝肯鲍尔作为代理教练暂时掌管了拜仁，球队随后夺得了1995-96赛季欧洲联盟杯，决赛中他们击败了波尔多。1996-97赛季特拉帕托尼重返球队并带领拜仁捧起了当年的德甲冠军奖盘，但在接下来的一个赛季，拜仁在冠军争夺战中输给了雷哈格尔带领的升级马凯泽斯劳滕，特拉帕托尼也再次离开了俱乐部。
在1998-2004年间拜仁由奥特马・希斯菲尔德执教，在他执教的第一个赛季，拜仁获得了当年的德甲联赛冠军，欧洲冠军联赛冠军也几乎到手，只是在全场领先的情况下被曼联伤停补时阶段的两粒进球所击败，在1999-00赛季拜仁获得了历史上第三个联赛和德国杯赛双冠王。
2000-01赛季拜仁直到联赛的最后一轮才确定取得连续第三个德甲冠军，当时在联赛最后一轮，在比赛进行到九十分钟却被对手汉堡足球俱乐部射手谢尔盖・巴巴雷茨攻破球门，使得冠军就要旁落的不利情况下，凭借帕特里克・安德森在补时阶段最后时刻的禁区内间接任意球逼平汉堡队，在最后时刻夺得德甲冠军。不久之后拜仁在欧洲冠军杯决赛上依靠点球击败了瓦伦西亚足球俱乐部，在时隔二十五年之后重新捧起欧洲冠军杯，2001-02赛季初拜仁获得了丰田杯的冠军，但之后球队在其它赛事乏善可陈。
2002-03赛季拜仁获得了球队历史上的第四个联赛和德国杯双冠王，领先第二名二十六分的成绩也创造了德甲联赛的历史，希斯菲尔德的王朝在2004年终结，该年拜仁的表现令人失望，并且在德国杯赛也负于乙级球队亚琛足球俱乐部而止步不前，之后菲利克斯・马加特接过了球队的教鞭，并带领拜仁获得了两个联赛和德国杯赛双冠王。